ويژگي هاي يک سلول به طور عمده، به الگوي بيان ژني آن بستگي دارد. در سلول هاي يوکاريوتي، الگوي بيان ژن حتي در غياب عامل القايي پايدار باقي مانده و ثابت مي ماند. فرايندي که بدون تغيير در توالي نوکلئوتيد هاي يک ژن، نحوه بروز ژن را تغيير مي دهد را، اپي ژنتيک مي نامند.

مکانيسم هاي اپي ژنتيکي، تمام فرايندهاي بيولوژيکي بدن موجودات را از زمان شکل گيري تا مرگ تنظيم مي کند. به عنوان مثال مي توان به تنظيم فرايندهاي شکل گيري گامت ها، شکل گيري جنين، تمايز و رشد و نمو سلولي اشاره کرد.

کليدي ترين عوامل در تغييرات اپي ژنتيکي مربوط به تغييرات در عوامل تغيير دهنده ي آرايش کرماتين، عوامل تغيير دهنده هيستون ها، متيلاسيون DNA، فعاليت RNAهاي غير کد کننده (که مهمترين آنهاmiRNA وsiRNA هستند)، مي باشد که فرايند رونويسي را تحت تاثير قرار مي دهد.

انواع پروتيين هاي هيستوني شاملH?,H?,H?B,H?A, H? بصورت اکتامر مي باشند و سبب فشردا سازي DNA کروموزومي مي شوند. دم هاي هيستوني مي توانند دچار تغييرات پس از ترجمه مانند استيلاسيون، متيلاسيون و فسفريلاسيون شوند.

هيستون ها که DNA را درون کروماتين احاطه کرده اند در ناحيه دم انتهايي N خود دچار تغييرات پس از رونويسي مثل استيلاسيون، متيلاسيون،ADPريبوزيلاسيون، فسفريلاسيون و مهمترين آنها استيلاسيون مي شوند. فاکتور هاي فعال کننده رونويسي به طور همزمان با استيله شدن ليزين هيستون ها فعال مي شوند، در حالي که فاکتور هاي سرکوب کننده رونويسي با داستيله شدن هيستون ها شروع به کار مي کنند.

مهم ترين تغيير کوالانت DNA مربوط به متيلاسيونDNA در دي نوکلئوتيد CpG است که در ارتباط با خاموش شدن ژن ها است و اغلب در مناطق غني از CpG رخ مي دهد.
منشا ميکرو RNA مربوط به ساختار هاي کوتاه سنجاق سري مي باشد که توالي هاي شبيه خودش را مورد هدف قرار داده و سبب سرکوب فرايند ترجمه مي شود. ميکرو RNAها از طريق جفت شدن ناکامل فقط با ? يا ? نوکلئوتيد با mRNA هدف فرايند ترجمه را متوقف مي کنند و اگر جفت شدنشان به توالي هدف به صورت کامل باشد سبب مي شوند که mRNAها تخريب شوند.

عاليت ميکروRNAها توسط کمپلکس miRISC انجام مي شود که اين کمپلکس شامل miRNA،پروتئين هاي خانواده Argonaute (AGO) و پروتيين هاي خانواده GW??? (داراي توالي هاي تکراري از اسيد آمينه گلايسين و تريپتوفان هستند) که مجموع اين کمپلکس پروتئيني و mRNA در P bodies حضور دارند و تنظيم بيان پروتيين ها را بر عهده دارند.

siRNA از RNAهاي دو رشته اي به وجود مي آيند که توالي هاي هومولوگي را در جايگاه هاي ژني يکسان مورد هدف قرار مي دهند و با تخريب جايگاه سبب خاموش شدن ژن مي شوند. در فرايند توليد ميکروRNA دو آنزيم دخالت دارد: آنزيم Drosha که مسئول توليد ميکرو RNA اوليه در هسته است و پس از خارج شدن از هسته آنزيم DicerI توليد ميکروRNA بالغ مي کند. ولي در فرايند توليد siRNAها فقط به آنزيم DicerI نياز است.